درخصوص معرفی آیت الله خامنه ای به عنوان رهبر ، بعضاً شبهاتی مطرح شده است که ضمن طرح آنها، مختصراً پاسخ آنها نیز بیان میگردد:

۱- شاید تنها مخالف جدی معرفی آیت الله خامنه ای به عنوان رهبر ، شخص خودشان بودند که برخی مثل محسن کدیور این مخالفت را ناشی از عدم توانایی ایشان و اطلاع ایشان درخصوص نداشتن شرایط این کار دانستند! که این نتیجه گیری حقیقتاً مغرضانه بوده است چرا که اولاً آیت الله خامنه ای اساساً حامی و موافق رهبری شورایی بودند و ثانیاً این که از تقوای الهی و احتیاط از پذیرفتن مسئولیت خطیر رهبری نه تنها یک نقطه ضعف نیست بلکه شرط عقل برای یک انسان باتقوا و دانشمند نیز هست و البته ایشان در عمل ثابت کردند که حقاً و انصافاً از پس این جایگاه کلیدی نظام مقدس جمهوری اسلامی به خوبی برآمده‌اند.

۲-برخی از افراد مانند مهدی خزعلی نیز گفتند که معرفی آیت الله خامنه ای به عنوان رهبر با یک سناریوی از پیش طراحی شده توسط آقایان هاشمی، حاج احمد خمینی و آیت الله خامنه ای انجام شده است، اما اولاً شخص آیت الله خامنه ای خود از حامیان جدی رهبری شورایی بوده اند، ثانیاً آقای هاشمی هم نظرشان بر رهبری شورایی با حضور آیات خامنه ای و مشکینی و موسوی اردبیلی بوده است وثالثاً ساختگی و نمایشی دانستن و معرفی کردنٍ مخالفت تند آیت الله خامنه ای با آن سیمای برافروخته و حرکات و سخنانی که در این خصوص اظهار داشتند، جز از اذهان بیمار اشخاص کینه توز بر نمی آید!

۳-یکی از شبهاتی که درخصوص معرفی آیت الله خامنه ای به عنوان رهبر مطرح میشود این است که ایشان را فاقد شرط مرجعیت برای جایگاه رهبری اعلام کرده بودند! در صورتی که حضرت امام در نهم اردیبهشت ۶۸ به شورای بازنگری قانون اساسی دستور دادند تا ظرف ۲ ماه برخی اشکالات قانون اساسی از جمله شرط مرجعیت برای رهبری اصلاح شود که در همان زمان در شورای بازنگری قانون اساسی لحاظ شد و بر همین اساس در روز انتخاب رهبری، شرط مرجعیت مد نظر مجلس خبرگان نبود، با این وجود پس از همه پرسی اصلاح قانون اساسی در ۶ مرداد ۶۸، یک بار دیگر برای رهبری آیت الله خامنه ای رأی گیری شد و ایشان مجدداً رأی اکثریت خبرگان را کسب کرد و چندی نگذشت که از سوی جامعه مدرسین قم و سایر مراجع علمی و دینی به عنوان یکی از مجتهدین وقت معرفی شد.

۴-برخی میگویند چون هنوز قانون اساسی به همه پرسی گذاشته نشده بود، پس قابلیت اجرا نداشته است، که این اظهار نظر ناشی از عدم درک صحیح از جایگاه ولی فقیه و مردم درحکومت اسلامی است. در حکومت اسلامی، آرای مردم نشان دهنده مقبولیت امور است لیکن آنچه که باعث مشروعیت و رسمیت میشود، امضا، تأیید یا تنفیذ ولی فقیه است. در همین خصوص، تأیید اصلاحیه قانون اساسی و یا رأی دادن به رئیس جمهور منتخب، موجب رسمیت و مشروعیت قانون و یا رئیس جمهور نمیشود، بلکه آنچه که به آرای مردم مشروعیت میبخشد در نهایت امضا یا تنفیذ ولی فقیه است و از این لحاظ، دستور امام خمینی درخصوص برداشتن شرط مرجعیت از قانون اساسی یک حکم شرعی است و با این وجود، این حکم، در کنار سایر اصلاحات قانون اساسی به همه پرسی مردمی گذاشته شد و پس از کسب آرای مردمی به امضای ولی فقیه رسید تا رسمیت یابد.

۵- یکی از سؤالاتی که در این خصوص پرسیده میشود این است که چرا آیت الله خامنه ای، در پی رهبری آیت الله آذری قمی بودند که قبل از فوت حضرت امام خمینی(ره) و پس از آن، تعاریفی برخلاف نظرات حضرت امام(ره) درباره ولایت فقیه داشتند و دایره نظرات ولایت فقیه را در برخی حوزه ها صرفاً ارشادی میدانستند و در نهایت هم مسیر آیت الله منتظری را رفتند؟! در جواب این شبهه باید گفت:

اولاً تا قبل از طرح چنین ادعایی از سوی آیت الله امامی کاشانی در سال ۹۲ (در برنامه شناسنامه)، هیچکدام از افرادی که وقایع آن روز را روایت کرده اند، مدعی حمایت آیت الله خامنه ای از رهبری فردی آذری قمی نشده بودند و برخی از مطلعین هم این نقل قول را اشتباه دانسته اند.

ثانیاً به لحاظ عقلی نمیتوان پذیرفت آیت الله خامنه ای کسی را شایسته رهبری فردی بداند ولی در روز انتخاب رهبری، قاطعانه از رهبری شورایی حمایت کند! کما این که حتی پس از معرفی ایشان به عنوان نامزد، ایشان پشت تریبون رفتند و گفتند من با رهبری شورایی موافقم و با رهبری فردی مخالفم. پس چگونه نامزد بشوم؟ و با این منطق یعنی ایشان تا آخرین لحظه با رهبری فردی مخالف بودند.

ثالثاً در جلد ۴۱ کتاب حکومت اسلامی قولی از آیت الله امینی منتشر شده است که میتواند درباره آیت الله آذری قمی باشد که آیت الله امامی کاشانی اشتباهاً آن را به آیت الله خامنه ای منسوب کرده باشند! آیت الله امینی میگویند:
«آیت الله خامنه ای، آقای هاشمی، آقای اردبیلی و آقای مشکینی هم بودند که همگی از شورایی بودن رهبری صحبت می کردند. من مطلبی را در جلسه عرض کردم و گفتم ما در کمیسیون ولایت فقیه , شورایی بودن را ردّ کردیم. آیت الله خامنه ای فرمودند: رهبری شورایی را که رد کردید، پس چه کنیم؟ من در این موضوع فکر کرده بودم و چند نفر را در نظر داشتم و اسامی را در یک برگ کاغذ نوشته بودم که همراهم بود. من یک نفر را معرفی کردم که برای رهبری مناسب است. آیت الله خامنه ای فرمودند: نه، البته بعداً فهمیدم که این شخص صلاحیت رهبری را نداشته است. به ایشان (آیت الله خامنه ای) گفتم : خود شما چطور؟ ایشان بی اعتنایی کرد.»

۶- با توجه به خاطره ای که آقای هاشمی درخصوص نظر حضرت امام درباره آیت الله خامنه ای بیان کردند، برخی اینطور نتیجه گرفتند که معرفی آیت الله خامنه ای به عنوان رهبر بدون خاطره آقای هاشمی محقق نمیشد و رهبری ایشان را مدیون آقای هاشمی میدانند، در صورتی که:

اولاً این خاطره در لحظه آخر انتخاب آیت الله خامنه ای و در حالی که اذهان روی ایشان متمرکز شده بود و عملاً رهبری شورایی و رهبری فردی آیت الله گلپایگانی نیز منتفی شده بود بیان شد.

ثانیاً آقای هاشمی پس از اصرار و فریاد آیت الله شبستری و آیت الله قریشی در مجلس آن دو خاطره عمومی و خصوصی خودشان را نقل کردند.

ثالثاً به غیر از آقای هاشمی، آقایان حاج احمد خمینی، موسوی اردبیلی و خلخالی هم شبیه آن سخنان را گفتند و یا همان سخنان آقای هاشمی را تأیید کردند.